25. März 2013 — Der erste zwischen zahlreichen Genen DNA-Sequenzierung-Test, der helfen können Vorhersagen, Krebs-Patienten Antworten zur Behandlung ist in der National Health Service (NHS) hat, dank der Partnerschaft zwischen Wissenschaftlern an der University of Oxford und Oxford University Hospitals NHS Trust gestartet worden.
Der Test verwendet die neuesten Techniken der DNA-Sequenzierung, um Mutationen über 46 Gene zu erkennen, die Krebswachstum bei Patienten mit soliden Tumoren fahren kann. Das Vorhandensein einer Mutation in einem Gen kann möglicherweise bestimmen, welche Behandlung pro Patient erhalten soll.
Die Forscher sagen die Anzahl der Gene getestet markiert ein Schritt bei der Einführung der Technologie der nächsten Generation DNA-Sequenzierung in der NHS ändern und kündigt die Ankunft der genomischen Medizin mit kompletten Genoms Patienten gleich um die Ecke.
Der n-Gen-Sequenzierung-Test wurde durch das nationale Institut für Gesundheit Forschung (NIHR) Oxford Biomedical Research Centre (BRC), eine Zusammenarbeit zwischen Oxford University Hospitals NHS Trust und Oxford University Gesundheitswesen Innovation beschleunigen und die hat Teil-finanziert diese Initiative.
BRC Molekulare Diagnostik Zentrum führt den Test durch. Labor, Sitz an der Oxford University Hospitals, deckt alle Krebspatienten im Thames Valley. Aber die Wissenschaftler sind auf der Suche um das scale-up zu einem wahrhaft nationale NHS-Service im Verlauf dieses Jahres.
Der neue £300-Test konnte speichern deutlich mehr Medikament Kosten von Patienten auf die richtigen Behandlungen sofort, Verringerung von Nebenwirkungen sowie der Zeit Schäden verlor vor der Ankunft in eine wirksame Behandlung.
"Wir sind der erste, der einen zwischen zahlreichen Genen Diagnosetest für Tumor Profilierung auf dem NHS verwenden die neueste Technologie der DNA-Sequenzierung, einführen", sagt Dr. Jenny Taylor des Wellcome Trust Centre für Humangenetik an der Universität Oxford, der Programmdirektor für Genomic Medizin NIHR Oxford BRC und an den Arbeiten beteiligt. ' Es ist ein bedeutender Schritt-Änderung in der Weise, die wir Dinge tun. Diese neu 46 gen-Test bewegt uns weg von konventionellen Methoden zur Sequenzierung von einzelnen Genen und kennzeichnet einen großen Schritt in Richtung umfassender Genom-Sequenzierung in beide Infrastruktur und Bearbeitung der Daten produziert. "
Dr. Anna Schuh, der leitet das BRC Molekulare Diagnostik Zentrum und einem Hämatologen Berater bei Oxford University Hospitals, fügt hinzu: ' Patienten mag die Idee eines Tests, die Vorhersagen und nach vorne zu sagen, ob sie einer ansonsten toxischen Behandlung reagieren können. Was sieht der Patient ist nicht anders als vorhanden. Des Patienten Tumor für genetische Tests mit einem Berater sprechen durch die Ergebnisse ein paar Tage später wird eine Biopsie entnommen. Es ist Teil der normalen Diagnoseprozess.'
Krebs wird oft als eine genetische Krankheit beschrieben, da der Übergang, die, den eine Zelle durchläuft zu Krebs, eher durch Veränderungen an der Zelle DNA angetrieben werden. Und in zunehmendem Maße neue Krebsmedikamente abhängen, zu wissen, ob eine Mutation in einem einzelnen gen in Krebszellen eines Patienten vorhanden ist.
Z. B. möglicherweise ein Lunge-Krebs-Patienten eine Biopsie genommen, für Änderungen im EGFR-gen zu überprüfen. Liegt eine Mutation vor, kann der Patient dann mit einem Medikament behandelt werden, die als ein EGFR-Hemmer arbeitet. Liegt keine Mutation vor, solche Drogen wird nicht funktionieren, und der Patient ein anderes Medikament, das wäre effektiver für sie bekommen würde. Kenntnis vom Vorhandensein oder Fehlen von Mutationen in einem bestimmten Gen können den Behandlung-Pfad für die Patienten.
Die NHS kann derzeit testen für Mutationen in Genen, 2 oder 3 Gene auch BRAF, EGFR oder KRAS--mit älteren Sequenzierungstechnologie, der schon seit Jahrzehnten. Anstrengungen werden unternommen, Erhöhung der Zahl der Krebs-gen sequenziert auf neun als Standard anzusehen.
Die Oxford-Wissenschaftler sind die ersten, die solche zwischen zahlreichen Genen Tests in der NHS mit die neuesten Techniken der DNA-Sequenzierung möglich machen. Der NHS-Dienst sie angestoßen haben sieht für Mutationen in Genen 46, und sie arbeiten jetzt an die Verwendung eines Tests 150 Gene überprüfen.
Einen Diagnosetest oder 'Panel', der gleichzeitig mehrere Gene mutations schützen kann ist wichtig für den Zugriff auf alle neuen Krebsmedikamente, die entlang kommen.
"Sehr schwierig, in den NHS diagnostische Labors ohne gen-Paneele, verwalten sein wird", erklärt Dr. Schuh. ' Derzeit neue Krebsmedikamente neigen dazu, neben einen Diagnosetest für diese Droge spezifisch genehmigt zu bekommen, die bestimmen können, welche Patienten profitieren werden. Aber da mehr wie diese kommen entlang Drogen, wir können nicht möglicherweise laufen alle die vielen verschiedenen Prüfungen zu trennen, was, die das bedeuten könnte. Wir brauchen einen Test für eine Reihe von Drogen. "
Dr. Taylor fügt hinzu: "Wir wollten einen Test, der die neuesten Techniken der DNA-Sequenzierung verwenden würden, um eine Vielzahl von Mutationen in einer Vielzahl von Genen zu erkennen. Ein Test, der Lage wäre, mehr Krebserkrankungen und weitere Behandlungen, alle für einen vergleichbaren Kosten zu herkömmlichen Methoden zu decken. "
Der Testlauf ist auf einer Plattform der nächsten Generation-Sequenzierung von Life Technologies Corporation, genannt Ion persönliche Genom Maschine (PGM(TM)). Der Test und der mitgelieferten Software wurden erheblich geändert, wie das Oxford-Team gefordert, Diagnosestandards in ihrem Labor zu erfüllen.
Diese Arbeit wurde von der Technology Strategy Board der britischen Innovationsagentur, durch eine Zuwendung an die NIHR Oxford BRC, Life Technologies Corporation, AstraZeneca, und Janssen Forschung & Entwicklung, LLC, einer der das Pharmaunternehmen Janssen kofinanziert.
Im Rahmen der Testentwicklung das Oxford-Team sah die ersten Probenvorbereitung im Labor zu verbessern und die Software und Infrastruktur unterstützen zur Bearbeitung und Auswertung der Menge an Informationen beteiligt. Am wichtigsten ist, hat der Oxford-Gruppe Tests und Vergleiche zu überprüfen, die Robustheit der Technik mit Krebs Biopsien direkt vom Patienten durchgeführt.
Das Team im Vergleich des neuen 46 Gen-Tests gegen konventionelle Techniken für 80 aufeinander folgenden Krebs Biopsien in den Krankenhaus-Lab Workflow.
Die nächste Generation-DNA-Sequenzierung-Methode ermittelt alle Mutationen, die die konventionelle Methode tat; es entdeckte neue Mutationen, die die konventionelle Methode nicht; und erkannte Mutationen bei wesentlich geringeren Mengen in den Proben. Der Zeitaufwand für die 46 gen-Test, passte auch in die Norm Bearbeitungszeit für Proben im Labor.
Es gibt eindeutige Vorteil in screening-einige der 46 Gene, die in den Test einbezogen; Es ist wahrscheinlicher oder wahrscheinlich klinischen Nutzen bei einigen anderen screening; Mutationen in weiteren Genen möglicherweise in einigen Krebsarten und andere nicht wichtig; und die anderen Gene, wir wissen nicht noch. Aber haben diese Informationen-Mittel-Forscher untersuchen kann, ob eine Mutation biologische Bedeutung hat.
"Wir können Daten, bank es und verknüpfen Sie es mit anonymisierten klinischen Daten über Patienten Krebsarten für zukünftige Forschung," erklärt Dr. Schuh.
Der Test sucht nach Mutationen in 'Hotspot' Regionen jedes Gen--Bereiche, in denen Mutationen eher auftreten. Dies bedeutet, dass der Test bis zu 5 % der Mutationen, verpassen kann, wie sie anderswo auftreten können, aber das ist immer noch deutlich besser als die falsch-negativ-Rate mit aktuelle Methoden.
Es kann auch Mutationen bei nur 5 % der in einer Probe vorhanden Tumorzellen erkennen. Dies ist viel niedriger als derzeit möglich ist, und wichtig ist in der Lage, Informationen aus Zellen vorhanden in nur geringen Stückzahlen in einen Tumor zu erfassen, aber noch in Fahrt Krebswachstum wichtig sind.
Haben gezeigt, dass es möglich ist, den 46 gen-Test als NHS-Service einzuführen, sind die Forscher nun weitergehen, das Potenzial eines Tests zu untersuchen, die 150-Gen-Sequenz. Das Team wird den Test vor allem mit 500 vorhandenen Proben von Patienten, die Teilnahme an Krebs-Studien verwenden, die Ergebnisse rückwirkend mit Daten aus den Studien vergleichen zu können. Sie verwendet dann den Test mit 1000 neue Krebs-Biopsien, um besser zu verstehen, wie die zusätzliche Informationen genutzt werden kann, in der Führung von Behandlungen für Patienten und deren Ergebnisse.
Dr. Schuh sagt: ' "Panel" Tests haben erhebliches Potenzial, während wir warten, bis die Kosten des gesamten Patienten Genome um nach unten zu kommen. Selbst dann können Panel-Tests bei uns seit einiger Zeit werden. Nach kompletten Genoms zum Einsatz kommt, kann es sein, dass Panel Prüfungen zuerst mit Patienten Biopsien, mit denen nur verwendet werden, dessen Bereich zeigt keine haben ihre gesamte DNA sequenziert Testergebnis, um seltenere genetische Veränderungen zu suchen. "
Lord Howe, Gesundheitsminister, sagte: ' Wir wollen unter die besten Länder der Welt bei der Krebsbehandlung zu sein und wissen, dass bessere maßgeschneiderte Versorgung für Patienten potenziell lebensrettenden.
' Gesundheit Forschung, wie das ist unglaublich wichtig und ich freue mich, dass wir konnte unterstützen die Arbeit der Forscher in Oxford durch das nationale Institut für Gesundheit Forschung Biomedical Research Centre.
'Schnell übersetzen Erkenntnisse aus der Genetik-Forschung in reale Vorteile für Patienten, ihre Arbeit sicher, dass Patienten erhalten sofort die richtigen Behandlungen, reduzieren mögliche Nebenwirkungen auch helfen und NHS Mittel effektiver zu nutzen machen.'
Das 46-gen-Panel basiert auf Ion AmpliSeq(TM) Chemie von Life Technologies Corporation. Der Test erfordert eine sehr kleine Menge von DNA (5 Nanogramm), ein Vorteil bei der Arbeit mit klinischen Proben, die in der Regel in der Menge begrenzt sind.
Die Ionen persönliche Genom-Maschine (PGM(TM) und Ion AmpliSeq(TM) sind für die Forschung nutzen nur, nicht bestimmungsgemäßen Verwendung in Diagnoseverfahren. Life Technologies CE-IVD-Bezeichnung für die PGM zu ausüben will.
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